يتراوح الطيف السريري للعدوى بفيروس كورونا المسبب لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية بين عدم ظهور أية أعراض (غياب الأعراض) وبين الأعراض التنفسية المعتدلة وحتى المرض التنفسي الحاد الوخيم والوفاة. وتتخذ الأعراض النمطية للإصابة بمرض فيروس كورونا المسبب لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية شكل الحمى والسعال وضيق التنفس. أما الالتهاب الرئوي فهو شائع ولكنه لا يحدث دائماً. كما تم الإبلاغ عن أعراض مَعدية معوية، تشمل الإسهال. ويمكن أن يتسبب الاعتلال الوخيم في فشل التنفس، الذي يتطلب التنفس الاصطناعي والدعم في وحدة العناية المركزة. وقد مات 36% تقريباً من المرضى الذين تم الإبلاغ عن إصابتهم بفيروس كورونا المسبب لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية. ويبدو أن الفيروس يتسبب في مرض أوخم لدى المسنين، والأشخاص ذوي الجهاز المناعي الضعيف، والأشخاص المصابين بأمراض مزمنة، مثل السرطان وأمراض الرئة المزمنة وداء السكري.